Il Santuario fu costruito tra il 1561 e 1566. Nell' ottobre dello stesso anno il Crocifisso fu trasferito nel nuovo Santuario, con imponenti festeggiamenti.
Il Santuario, a forma rettangolare misurava 20 m. di larghezza e 22 m. di altezza. Nell'interno le strutture erano disposte a croce greca. La Cappella destinata ad accogliere il Crocifisso era ornata di marmi preziosi.
Nel corso degli anni la costruzione subì delle modifiche, nella parte superiore vennero apportati degli ampliamenti, per soddisfare le esigenze abitative del Priore.
Con l'andare degli anni il tempio, per ragioni strutturali divenne pericolante; qualsiasi riparazione sarebbe stata vana l'unica via che rimaneva da seguire era la ricostruzione che iniziò nel corso dell'anno 1967.
Il nuovo Santuario venne inaugurato il 6 Luglio 1969